هو أعلى مستوى إداري في الهيئة، وقد تم تشكيل مجلس أمناء الهيئة بموجب قرار السيد المهندس رئيس مجلس الوزراء رقم 683 لسنة 2017 برئاسة رئيس مجلس الوزراء ويضم في عضويته السادة الوزراء المعنيين بسلامة الغذاء وهم:

1. وزير البيئة

2. وزير الصحة والسكان

3. وزير التجارة والصناعة 

4. وزير السياحة 

5. وزير التموين والتجارة الداخلية

6. وزير الزراعة واستصلاح الأراضي 

1- رسم السياسات العامة لضمان سلامة الغذاء.

2- إقرار الخطط اللازمة للنهوض بمستوي سلامة الغذاء وتنميته، وخطط الرقابة على سلامته وصلاحيته للاستهلاك الآدمي، وخطة التوعية بأهداف الهيئة.

3- إقرار القواعد واللوائح والنظم المتعلقة بسير العمل في الهيئة التي يقترحها مجلس الإدارة، بما يكفل أداء الهيئة لعملها على أساس من الإدارة الاقتصادية السليمة.

4 – اعداد تقرير سنوي يرفع لرئيس الجمهورية يتضمن على الأخص خطط الهيئة وأنشطتها وما حققته من نتائج تتعلق بأهداف هذا القانون.

5- اعتماد تعديل اللوائح التنفيذية للتشريعات ذات الصلة قبل إصدارها من رئيس مجلس الوزراء